Первые легальные еврейские организации в РСФСР возникли в Москве в 1988 гг. – Еврейская культурная ассоциация (ЕКА) и Московское еврейское культурно-просветительское общество (МЕКПО). В 1989 г. В Москве прошел первый съезд евреев СССР, создавший первую крышевую координационную организацию советского еврейства – Ваад СССР, просуществовавший до 1992 г. Его деятельность, направленная на воссоздание еврейской общинной жизни в СССР совпала с периодом массового исхода советских евреев. За последние полтора десятилетия из России в Израиль уехало около 350 тыс. человек, еще около 150 тыс уехало в США, ФРГ и некоторые другие страны.
Согласно последней переписи населения, прошедшей в 2002 г., численность еврейского населения России составила 233400 человек, живущих главным образом в крупных городах. Около 70% еврейского населения живет в Москве и Санкт-Петербурге. Впрочем, большинство представителей еврейской общины и экспертов считают, что эта цифра сильно занижена, поскольку далеко не все евреи до сих пор решаются раскрывать свою национальность. Кроме того, некоторые общины по разным причинам просто могли сознательно уклониться от переписи. Называемые экспертами цифры еврейского населения варьируются в промежутке между 500 и 750 тысячами человек (включая и членов семей евреев, а также людей, предпочитающих скрывать свое еврейство). В феврале 2008 г. было объявлено о программе Федерации еврейских общин России по стимулированию рождаемости среди евреев, в рамках которой предусматривалась выплата пособия за третьего и последующего ребенка по достижении им трех лет. Помимо евреев-ашкеназов в России существуют заметные общины т. н. сефардских или восточных евреев, преимущественно, горских. Хотя еще продолжают сохраняться традиционные центры расселения горских евреев на Северном Кавказе (Дербент, Махачкала, Нальчик), многие представители этой этнической группы переселились в последние 10-15 лет в Москву и Пятигорск. Значительные общины бухарских евреев существуют в Москве, С.-Петербурге, Екатеринбурге, Челябинске, Иркутске. В Москве находится центр Всемирного конгресса горских евреев (образован в 2003 г.), являющегося коллективным членом Евроазиатского еврейского конгресса, и действующего при нем Фонда развития еврейской культуры. Одновременно существует созданный в 2001 г. как отделение Всемирного конгресса бухарских евреев Конгресс бухарских евреев России и СНГ (президент с 2008 г. – Биньямин Биньяминов). Численность «восточных» общин установить достаточно сложно. Цифры, предлагаемые переписью 2002 г. (3000 горских евреев и по 100 – грузинских и бухарских евреев), очевидно, не отражают реальную ситуацию. Вероятно, кто-то из представителей «восточных общин» уклонился от переписи, кто-то был записан просто как «еврей», кто-то вместо национальности назвал гражданство и был записан как азербайджанец, узбек и ли грузин. Ориентировочно говорят о нескольких десятках тысяч грузинских, горских и бухарских евреев, проживающих в основном в Москве. Кроме того, в России проживает около 1000 караимов, 150 крымчаков и несколько тысяч т. н. субботников – потомков русских крестьян, принявших иудаизм в XVIII-XIX вв.
К «крышевым» светским еврейским организациям в России относятся старейшее еврейское объединение – Ваад России, или Федерация еврейских организаций и общин (формально создан в 1992 г., до того почти три года существовал как отделение всесоюзного Ваада; президент – генеральный секретарь ЕАЕК Михаил Членов), а также одноименные Благотворительный фонд Российский еврейский конгресс (РЕК) и Общероссийская общественная организация РЕК (по сути, речь идет об одной организации, имеющей да разных юридических лица для выполнения различных функций; РЕК был создан в 1996 г., президент Благотворительного фонда с мая 2009 г. и Общественной организации с октября 2009 г. – Юрий Каннер). Кроме того, в России существуют и объединения еврейских религиозных общин трех направлений – традиционной раввинской ортодоксии (т.н. «литовский», или «миснагедский» иудаизм), реформистского иудаизма и любавичского хасидизма ХаБаД. Наиболее многочисленны и влиятельны в настоящее время последователи последнего направления, объединенные в Федерацию еврейских общин России (ФЕОР; главный раввин – Берл Лазар, президент – Александр Борода). В ФЕОР входит свыше 200 религиозных общин.
Первые общины реформистского (или современного) иудаизма появляются в конце 1980-х гг. в Москве. В настоящий момент они объединены в Объединение религиозных организаций современного иудаизма в России (ОРОСИР; председатель – Ирина Щербань). ОРОСИР и находящаяся в стадии регистрации Федерация ортодоксальных евреев России (ФОЕР), объединяющая ортодоксальные общины, не вступившие в ФЕОР, входят в Конгресс еврейских религиозных общин и организаций России (КЕРООР; создан в 1993 г., главный раввин Авраам (Адольф) Шаевич, председатель – раввин Зиновий Коган; объединяет около 100 общин, из них примерно 40 – общины современного иудаизма). Подобное сосуществование представителей ортодоксального и современного иудаизма в рамках одной организации является уникальным. В январе 2004 г. и марте 2006 г. ФЕОР пытался поглотить КЕРООР в рамках проекта создания единой еврейской общины России, однако и руководство организации и практически все входящие в ее состав общины отклонили предложение ФЕОР, и этот проект тихо заглох.
В настоящий момент, после ухода с поста президента КЕРООР известного предпринимателя Аркадия Гайдамака, организация переживает серьезные трудности в развитии.
В настоящее время в общине функционируют два главных раввина России – по версии КЕРООР – А.Шаевич, избранный на эту должность в 1993 г., а по версии ФЕОР – Б. Лазар, чье избрание произошло на семь лет позже.
В феврале-марте 2009 г. из России были депортированы по формальным основаниям поддерживаемые ФЕОР раввины Владивостока И.Сильберштейн и Ставрополя Ц.Хершкович.
Еще одной формой объединения российских евреев являются национально-культурные автономии (НКА), чье существование оговорено особым федеральным законом, принятым в 1996 г. НКА являются национальными светскими организациями, призванными обеспечивать национальную самобытность диаспор в области языка, культуры и образования. Закон об НКА устанавливает правовые отношения между диаспорами и государственными органами. Всего существует свыше 40 региональных еврейских автономий и несколько десятков автономий местного уровня. Федеральная еврейская национально-культурная автономия (ФЕНКА), создана в 1999 г. (президент с декабря 2008 г. – бизнесмен и общинный деятель из Казани Михаил Скоблионок, председатель попечительского совета с 2004 г. – Александр Машкевич).
Ваад России и РЕК стали в 2002 г. соучредителями Евроазиатского еврейского конгресса (ЕАЕК) и были представлены в Генеральном совете ЕАЕК. В 2002 г. По инициативе ФЕОР и ЕАЕК был образован Всемирный конгресс русскоязычного еврейства, один из центров которого находится в Москве (президент с 2007 г. – Борис Шпигель). Представители Ваада России и ФЕОР входят в состав Совета ВКРЕ. В конце июля 2005 г. по инициативе ФЕОР в Москве прошел учредительный съезд Совета сефардских евреев СНГ. Всего же в России действуют около 600 еврейских организаций, в том числе представительства «Сохнута» и «Джойнта». Под патронажем последнего работает сеть хэседов, число клиентов которых превышает 150000 человек. С 2004 г. началось сокращение объема деятельности этих двух организацией в связи с переориентацией на работу с другими регионами и финансовыми трудностями.
Вторым по важности после благотворительности направлением деятельности еврейской общины России является еврейское образование. В России действует 45 еврейских базовых школ и около 60 воскресных. Существует также небольшая сеть дошкольных образовательных учреждений, религиозных училищ-иешив и педагогических колледжей. Большинство образовательных учреждений школьного уровня финансируются госбюджетом, а также общинными организациями, Еврейским агентством в России, ОРТом, некоторыми международными религиозными структурами. 2 сентября 2009 г. глава Сохнута Натан Щаранский, находясь в Москве, подписал Соглашение о партнерстве в сфере образования с РЕК. Договоренность предполагает создание совместной комиссии по еврейскому образованию в России. Н.Щаранскому также удалось достичь соглашения с благотворительным фондом Genesis, финансируемым главой «Альфа-банка» Михаилом Фридманом, о расширении сотрудничества в сфере еврейского образования и укрепления самоидентификации русскоязычных евреев.
С 1989 г. в Москве действует Институт изучения иудаизма под руководством раввина А.Штейнзальца, выпустивший перевод на русский язык нескольких частей Талмуда и Аггады.
Большое развитие получило в последние полтора десятилетия высшее образование в сфере иудаики. В Москве работают Российско-Американский центр библеистики и иудаики при Российском государственном гуманитарном университете (основан в 1991 г., руководители – проф. Н.Басовская и Д.Фишман, директор – М. Куповецкий), Государственная классическая академия им.Маймонида (основана в 1992 г., ректор – проф. В. Ирина-Коган), кафедра иудаики Института стран Азии и Африки Московского государственного университета (до 2007 г. - Центр иудаики и еврейской цивилизации при ИСАА МГУ, создан в 1998 г., директор – проф. А. Ковельман), Международный еврейский институт экономики, финансов и права (до 2008 г. - Международный институт XXI века) (основан при поддержке ФЕОР в 2002 г., ректор – проф. Ю. Зайцев). В С.-Петербурге работает Петербургский институт иудаики (бывший Петербургский еврейский университет, создан в 1992 г., ректор – проф.Д. Эльяшевич), а в 2000 г. в качестве совместного проекта ПИИ и СПбГУ был создан Центр библеистики и иудаики (ЦБИ) при философском факультете Санкт-Петербургского государственного университета под руководством проф. И.Тантлевского. Кроме того, в Европейском университете С.-Петербурга работает Центр «Петербургская иудаика» (руководитель - проф. В.Дымшиц).
Кроме дневных учебных заведений в России действуют также программы Открытого университета Израиля, позволяющие обучаться заочно, и т. н. Народные университеты еврейской культуры – т. е., лектории, существующие во многих городах, где есть крупные общины.
С 1994 г. в Москве действует Центр научных работников и преподавателей иудаики в вузах «Сэфер» (директор - член Генерального совета ЕАЕК д-р Виктория Мочалова, председатель Академического совета с февраля 2008 г. – проф. М. Членов). Центром организуются ежегодные междисциплинарые конференции, которые являются основным событием в области иудаики на всем постсоветском пространстве, а также полевые школы для старшеклассников, студентов, аспирантов и молодых ученых. Регулярно публикуются сборники работ участников конференций по иудаике и другие научные труды. С 1993 г. выходит научный журнал «Вестник Еврейского университета в Москве» (с 1999 г. - «Вестник Еврейского университета. История. Культура. Цивилизация»), в настоящее время превратившийся в ведущее периодическое издание по иудаике на русском языке.