Первые еврейские организации в Азербайджане, Молодежный клуб «Алеф» и Еврейский культурный центр, появляются в Баку в конце 1980-х гг., на гребне перестройки.
Начиная с 1996 г., происходит бурная активизация еврейской общинной жизни Азербайджана. Еврейское агентство «Сохнут», Американский еврейский объединенный распределительный комитет «Джойнт», «Ваад ле-Ацала» инициировали значительное количество различных программ. Под эгидой «Джойнта» созданы благотворительная организация «Хэсед-Гершон», Еврейский культурный центр, Молодежный клуб «Гиллель», детский сад. «Сохнут» создал молодежный клуб «Амишав», 22 группы образовательных программ в Баку и в других городах Азербайджана, где проживают евреи – Сумгаите, Гяндже, Кубе, Огузе.
С помощью «Ваад ле-Ацала» в 1999–2001 гг. были открыты иешива и школа в Баку, а также иешива в Красной Слободе. Еще одна еврейская школа и детский сад открылись в сентябре 2002 г. (в 2003 г. получили официальную лицензию) при поддержке фонда «Ор-Авнер» в Баку. В декабре 2005 г. в Красной Слободе открылся детский сад, также работающий в системе «Ор-Авнер». В октябре 2006 г. был открыт образовательный центр при представительстве Еврейского агентства в Баку. 31 мая 2007 г. состоялась церемония закладки первого камня Бакинского учебного центра «Хабад Ор-Авнер». При «Сохнуте» действует воскресная школа.
Активно действует спортивная организация «Маккаби», насчитывающая свыше 300 участников (генеральный директор – Геннадий Гельман).
В Баку созданы женские благотворительные организации: гуманитарная Ассоциация еврейских женщин (1992 г.) и «Хава» (1996 г.), которые взяли на себя заботу о медицинском обслуживании, предоставлении материальной и иной помощи нуждающимся еврейским семьям и т.д. На учете в «Хэсед-Гершон» состоят около 1 700 человек. Кроме Баку, «Хэсед-Гершон» имеет филиалы в Сумгаите, Гяндже, Огузе и в с. Привольном. Свои благотворительные программы проводят и религиозные общины.
В Баку выходят четыре еврейских ежемесячника: «Наш Израиль» (издание Еврейского культурного центра при посольстве Израиля в Азербайджане), «Ор-Шелану» (издание Еврейского культурного центра «Джойнта»), «Башня» (издание Молодежного клуба «Гилель») и «Хэсэд-Гершон» (издание одноименного благотворительного центра). В ноябре 2004 г. азербайджанская община приверженцев «Хабад-Любавич», возглавляемая главным ашкеназским раввином Азербайджана Меиром Бруком, открыла сайт «Евреи Азербайджана»: www.jewish.az.
На апрель 2009 г. было официально зарегистрировано восемь еврейских религиозных общин: пять в Баку (община «Евреи Азербайджана», возглавляемая посланником ХАБАДа р. Меиром Бруком, общины горских, ашкеназских и грузинских евреев, а также община «Иерусалим»), и по одной в поселке Красная (Еврейская) Слобода Губинского района, в Сумгаите и Огузе. В селах Привольное и Кировка действуют общины геров. Поселок Красная Слобода остался единственным на постсоветском пространстве населенным пунктом, где продолжают компактно проживать евреи. Во всех этих городах имеются синагоги, а в селе Привольное – молельный дом.
Ашкеназские и грузинские синагоги Баку (председатель религиозной общины европейских евреев – Геннадий Зельманович, председатель общины грузинских евреев – Абик Чарухчев) размещены в новом многоэтажном помещении, построенном при поддержке Евроазиатского еврейского конгресса (ЕАЕК) на месте старого обветшавшего здания в марте 2003 г. В настоящий момент под снос попал квартал в Баку, в котором расположена центральная синагога горских евреев Азербайджана. В мае 2009 г. снос был приостановлен ввиду нехватки у властей Баку средств на выплату компенсаций владельцам сносимых частных строений. Однако продолжает сохраняться неясность с выделением нового участка под синагогу и компенсацией за сносимое здание.