В настоящее время после массовой эмиграции численность евреев в Таджикистане составляет, по разным оценкам, от нескольких сотен до 2 000 человек. По официальным данным в республике проживает 600 евреев, большей частью сконцентрированных в Душанбе. В республике действует единственная синагога – в Душанбе. Синагога в Худжанде была закрыта в 1999 г.
В конце 1980-х гг. в Таджикистане были зарегистрированы две еврейские общественные организации: Общество друзей еврейской культуры «Хаверим» и Религиозная община евреев Таджикистана. Целью общества «Хаверим» (затем – Еврейский культурный центр) было возрождение еврейской культуры, языка, традиций и обычаев народа. После убийства в 1998 г. руководителя ЕКЦ «Хаверим» Гавриэля Гавриилова центр прекратил свое существование.
С начала 1990-х гг. центром общественной и религиозной жизни евреев в республике становится Религиозная община евреев Таджикистана, созданная на базе Душанбинской синагоги (председатель с августа 2005 г. – Валерий Давыдов, раввин с 1996 г – М. Абдурахманов). Религиозная община евреев Таджикистана входит в Раввинат Средней Азии, а также в Евроазиатский еврейский конгресс, во Всемирный конгресс бухарских евреев и во Всемирный конгресс русскоязычного еврейства. В 2003 г. возникло новое общественное объединение евреев Таджикистана – организация «Ахдут» (Единство), председатель – Г.С. Дзуцева.
В 2009 году была благополучно разрешена многолетняя проблема со зданием синагоги в Душанбе, обострившаяся после сноса старого здания в июне 2008 года. После серии встреч и консультаций президента Евроазиатского еврейского конгресса Александра Машкевича с президентом Таджикистана Эмомали Рахмоном было принято решение о строительстве нового здания. Известный банкир и филантроп, глава «Ориенбанка» Хассан Асадуллозода передал общине под синагогу особняк в центре города.4 мая 2009 года прошла торжественная церемония открытия синагоги. На церемонии присутствовала представительная делегация ЕАЕК, лидеры бухарских общин Израиля, США, Австрии и России, посол США в Таджикистане Трейси Энн Джейкобсон, местные бизнесмены и журналисты со всего мира.
Благотворительную помощь общине оказывает Фонд «Таджикистан» (Нью-Йорк), на средства которого осуществляется охрана и благоустройство еврейского кладбища, а также выплачивается зарплата сотрудникам общины. В прошлом периодически оказывали помощь Евроазиатский еврейский конгресс и Конгресс бухарских евреев России. С июня 2004 г. в Душанбе помощь нуждающимся оказывает «Хесэд-Тиква» (Бишкек). В августе 2005 г. при общине открылись курсы иврита. При синагоге много лет работала созданная и финансируемая гражданином Украины Николаем Базановым гуманитарная столовая, в которой обедали до 30 человек ежедневно. После сноса старого здания этим людям ежемесячно выдавались дотации на питание.
Деятельность общины существенно сковывает крайняя ограниченность имеющихся в ее распоряжении финансовых ресурсов (за последние три года в общине не проводился не один еврейский праздник).
Дипломатические отношения между Таджикистаном и Израилем были установлены в 1992 г. Посольства и консульства Израиля в Таджикистане нет. Должность посла Государства Израиль в Таджикистане с 2008 г. занимает по совместительству посол в Армении и Туркменистане Шеми Цур. В Душанбе имеется офис «Сохнута» по вопросам репатриации (координатор – О. Молдавская).
Генераторами антисемитских настроений в республике являются оппозиционная исламистская партия Партия исламского возрождения (ПИВТ) и подпольная исламистская организация «Хизб-ут-Тахрир». Во время операции ЦАХАЛа «Литой свинец» в секторе Газа в январе 2009 года ПИВТ выступила с несколькими резкими заявлениями в адрес Израиля. Партия также пыталась организовать в Душанбе антиизраильскую демонстрацию, но она была запрещена властями.
Из событий, связанных с изучением иудаики, можно отметить лишь прошедшую в октябре 2003 г. презентацию книги этнографа Т. Бозриковой «Проблемы этнических меньшинств в Таджикистане» и две статьи раввина М. Абдурахманова в общественно-культурном ежеквартальном журнале «Дусти» №1 за 2003 год и № 1 (7) за 2005 год под названиями – «Евреи Таджикистана: вчера и сегодня» и «Праздники Рош-Ашана и Йом-Кипур в религиозной общине евреев Таджикистана». Все три публикации осуществлялись при поддержке Фонда Сороса. Кроме того, таджикскими кинематографистами сняты два документальных фильма, в которых отражена современная жизнь таджикских евреев: «От Душанбе до Тель-Авива» и «Точикистон дар дили мост» («Таджикистан в наших сердцах»).