По легендам первые евреи появились в Киргизии около тысячи лет назад, однако формирование еврейской общины началось во второй половине XIX века, когда после присоединения Средней Азии к Российской империи на территории современной Киргизии стали селиться как европейские, так и бухарские евреи. Ашкеназы в основном жили в северной части республики, бухарцы – в южной. В XX в. бухарские евреи начинают постепенно переселяться в северные районы.
Количество ашкеназов увеличилось в 1930–1940 годах, прежде всего за счет ссыльных и эвакуированных. По приблизительным данным в годы Великой Отечественной войны число эвакуированных евреев составило 26 тыс. человек. К концу 1970-х годов еврейское население республики сократилась до 7,2 тыс.
После разгрома в 1920–1930 годы еврейских организаций и уничтожения большинства представителей местной бухарско-еврейской интеллигенции единственным общественным институтом еврейской общины оставалась синагога, открытая во Фрунзе в 1941 году.
С начала 1990-х годов из страны эмигрировали свыше 5 тыс. евреев.