В настоящий момент в республике (главным образом в Бишкеке) проживают около 1500 евреев. Небольшие группы живут в городах Ош, Кызыл-Кия, Кара-Кол, Токмак, Кант.
В 1989 году было организовано Общество еврейской культуры Киргизии «Менора» (с 1996 года его возглавляет Борис Шапиро). «Менора» – активный участник и один из основоположников созданной в 1994 году Ассамблеи народов Кыргызстана.
В Бишкеке работает созданный в 1997 году при содействии Джойнта Благотворительный фонд «Хэсед Тиква» (директор А.Л. Волкович), оказывающий поддержку пожилым евреям. В созданном при фонде общинном центре действуют более 20 программ для разных возрастных групп, в том числе для детей и юношества. Раз в год «Хэсед Тиква» проводит образовательные выездные семинары. Начиная с 1997 года, ежегодно организуются общинные фестивали еврейской книги. С 2004 года «Менора», «Хэсед» и Министерство образования Кыргызстана при содействии ЕАЕК осуществляют проект «Толерантность – уроки Холокоста».
Единственную в республике Бишкекскую синагогу с 2001 года возглавляет главный раввин Кыргызстана Арье Райхман. В декабре 2004 года синагога при поддержке фонда «Ор-Авнер» открыла детский сад. В мае 2006 года в синагоге побывала делегация Евроазиатского еврейского конгресса во главе с президентом ЕАЕК А. Машкевичем, и было объявлено о предстоящем строительстве в Бишкеке синагоги «Бейт-Рахель». В 2009 году при финансовой поддержке фонда «Керен Едидут ле-Еладим в России и странах СНГ» при синагоге начала действовать программа поддержки детей. Помощь получили несколько десятков детей.
В столице республики работает еврейская частно-государственная средняя школа им. Х. Хохштейна «Эц Хаим» (директор В. Крицман), обучение ведется на иврите и русском языке. На ее базе действует и еврейская воскресная школа. В мае 2006 года при школе «Эц Хаим» открылся технологический центр ОРТ.
С 1997 года в Бишкеке ежегодно проводится общинный фестиваль еврейской книги. В городе работают молодежные еврейские клубы «Ноар» и «Перах». С января 1996 года выходит общинная газета «Мааян» (редактор Л. Зеличенко).
В Киргизско-Российском университете функционирует Центр по изучению еврейской культуры (ЦИЕК; руководитель А. Кацев). В 2001 году под эгидой Общества «Менора» и Благотворительного фонда «Хэсед Тиква» издана книга А. Яркова «Евреи в Кыргызстане».