В условиях жесткого контроля средств массовой информации, в Узбекистане не принято открыто выражать националистические взгляды. Есть уголовная статья за разжигание национальной розни и поэтому внутриполитическая ситуация по отношению к евреям выглядит спокойной. Однако евреи не занимают ответственных должностей, нет их и в парламенте республики.
Контроль со стороны государства всех сфер деятельности и СМИ не позволяет обсуждать наболевшие проблемы, отодвигает решение проблем, которые на самом деле существуют в национальных отношениях, культурных и религиозных потребностях народов Узбекистана. В отличие от многих постсовестких республик, в Узбекистане нет государственного органа по делам национальных меньшинств. Формально эту роль выполняет слабая общественная организация Интернациональный культурный центр. Объединения национальных меньшинств слабы и беспомощны, они не являются общественно-политическими и не могут выдвигать своих лидеров на выборах в законодательный орган страны.
Президент Ислам Каримов старается не допустить влияния исламского фундаментализма извне, борется с проявлениями экстремизма и терроризма, чтобы сохранить светский характер государства. Некоторые законы косвенно ограничивают права национальных меньшинств и их культурные образования. В частности, законы, направленные против чрезмерного влияния ислама, также отрицательно сказываются на осуществление религиозных, образовательных, благотворительных программ в еврейской общине.
В отсутствии данных от государственных и независимых источников о преступлениях на национальной почве, трудно объективно судить об уровне антисемитизма в стране. О деятельности исламских радикальных группировок внутри страны они узнают лишь после громких терактов (таких, например, как взрывы в Ташкенте перед посольствами США и Израиля в 2004 г.) или событий, подобных Андижанской трагедии 2005 г. Суды над членами организации Хизб-ат Тахрир проходят при закрытых дверях. В Ташкенте исламисты распространяли листовки с ложным содержанием о якобы еврействе президента Ислама Каримова и вредной деятельности Еврейского агентства (Сохнута).
В последние годы отмечается охлаждение отношений Узбекистана на дипломатическом уровне с США и Израилем. Это плохо отразилось на имидже еврейской общины – местные власти считали, что община пользуется покровительством американцев.
Финансовой помощи от государства на восстановление очагов еврейской культуры и религии не поступает, а средства иностранных благотворительных организаций, законно работающих в республике, строго контролируются органами. Национальный банк республики требует заявку на расходование средств по каждой статье и задерживает выплату по несколько месяцев. Скудный бюджет благотворительных организаций, в итоге, не расходуется наполовину и перераспределяется на другие республики. Желание работать исчезает. Министерство юстиции ставит искусственные препятствия для регистрации новых еврейских организаций. Комитет по делам религий не способствует приглашению иностранных специалистов, а МИД не выдает служебных и рабочих виз. На стадии закрытия находятся такие еврейские организации, как Всемирное любавичское движение, Центр еврейского воспитания, Еврейский национальный культурный центр республики Узбекистан и другие. Были проблемы и у Ташкентского израильского культурно-информационного центра, и у филиала Джойнта в Узбекистане.
В связи с формальной причиной (недостаточное количество филиалов), Узбекистане до сих пор не удалось решить одну из самых главных проблем – зарегистрировать Духовное правление евреев Узбекистана. Для этого не религиозных общин еще в двух областях, хотя в республике действуют 10 синагог и при желании власти могли бы пойти навстречу неоднократным ходатайствам общины. В результате, в республике не оказалось ни одного официального раввина, а детские сады и школы были вне закона, поскольку только центральная религиозная организация имела право на образовательную и издательскую деятельность. В настоящее время почти все они не действуют, а за изучение Торы, по существующему законодательству, могут привлечь к уголовной ответственности.
Серьезной проблемой в сохранении памятников материальной культуры является отсутствие закона о реституции (возвращении) имущества.
В последние годы было несколько убийств евреев, два из которых получили широкую огласку в общине. Это убийство председателя ташкентской синагоги А. Ягудаева и главного режиссера ташкентского театра «Ильхом» М.Вайля.